LIPPEN se inició oficialmente el 1° de abril de 1973 con los misioneros Ricardo Motta y su esposa la Prof. Noemí A. de Motta junto con sus dos hijitos Andrés y Erica que vinieron de la Argentina

Enviados por la Liga Argentina Pro Evangelización del Niño - LAPEN, y apoyados por la Iglesia Evangélica Bautista de la ciudad de Tigre, bajo el pastorado de Andrés Robert. Los misioneros Motta y familia regresaron los primeros días de marzo de 1980 a la Argentina.

La primera oficina de LIPPEN funcionó en un Departamento que la Comisión Provisoria de LIPPEN alquiló en Asunción, sito en la calle Gral. Díaz 441.

La Asamblea Constitutiva de LIPPEN se realizó el día 14 de octubre de 1974, con el apoyo unánime de más de siete Denominaciones Evangélicas del Paraguay, siendo su primer presidente la Dra. Marta A. de Branda y vicepresidente el Sr. Pedro Clérici.

La Personería Jurídica fue otorgado por el Gobierno Nacional el 9 de junio de 1975 con el Decreto N° 15.467.

En marzo de 1977 se incorpora a LIPPEN el misionero Gerardo Dück y su esposa Ingrid de Duck con sus pequeñas hijas Cornelia y Andrea.

En marzo de 1980 ingresa la misionera Esther H. Vda. De Decoud, jubilándose el 12 de mayo de 1989, pero siguió colaborando con LIPPEN hasta su fallecimiento.

Cirilo Espínola ingresa en 1983 y permanece hasta 1988.

La misionera Dominga Guzmán viene de la Argentina e ingresa el 16 de mayo de 1984. Desde 1985 fue la directora de la Escuela de Capacitación de Maestros, hasta diciembre de 2007.

La misionera Teresina de Sousa Bastos ingresó en 1990 hasta diciembre de 1992.

El Director de LIPPEN Gerardo Dück, junto con la Comisión Nacional tienen la visión de la "Casa de LIPPEN" y en agosto de 1989, se colocó la piedra fundamental del edificio en Asunción, sito en la calle Sta. María 973 c/ E.E.U.U., siendo Pte. de la Comisión Directiva el Sr. Gastón Guzmán.

La misionera Nancy Duré ingresa en mayo de 1990 hasta diciembre de 1994.

La mudanza al nuevo edificio (Santa María 973 c/ Estados Unidos - Asunción) se realiza en el año 1991.

La misionera Inés Avilé viene de la Argentina e ingresa a LIPPEN en septiembre de 1994. En noviembre de 1996 se traslada a la zona de Itapúa para consolidar la Obra.

El 13 de marzo de 1998 se abre oficialmente en Encarnación la oficina de LIPPEN. El trabajo de la misionera Inés Avilé se extendió hasta marzo de 2005, retirándose de LIPPEN para regresar a su país.

En noviembre de 1995 se reintegran los misioneros Ricardo y Noemí Motta y forman un nuevo centro de LIPPEN en el Dpto. de la Cordillera. Luego de dos años de trabajo se da apertura oficial de la oficina en Caacupé el 25 de abril de 1998.

El 18 de marzo de ese mismo año Ricardo y Noemí Motta fueron nombrados por la Comisión Directiva en el cargo de Directores de Educación.

En el mes de junio de 2003, ingresa el Sr. Derlis López como funcionario de la Entidad, conformando hoy día el "Equipo Directivo", como representante de LIPPEN ante las Iglesias.

En junio de 2004, ingresa el Lic. Nahúm Santacruz, desempeñándose en el cargo de Contador/Administrador, liderando hoy día el "Equipo Directivo".

La misionera Nélida Zúñiga, ingresa a LIPPEN el 9 de diciembre de 2004.

El 2 de mayo de 2005, se integra a la obra de LIPPEN la misionera Luba Kruk, para la continuidad de los trabajos en la oficina de la ciudad de Encarnación - Itapúa.

El 2 de enero de 2008, ingresa el Lic. Mario Soler a la obra de LIPPEN, integra actualmente el "Equipo Directivo" como Director del Departamento de Educación.

En febrero de 2008, la Sra. Juanita de Berdoy ingresa para ocupar en forma interina, el cargo de Directora de la Escuela de Capacitación de Maestros, hasta el mes de diciembre de 2009.

En el año 2010, el misionero Mario Soler es designado Director de la Escuela de Capacitación de Maestros, y desde enero de 2011 como Director del Departamento de Educación.